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所得税法上の非課税限度額を超える通勤費について

従業員Aさんの通勤手当を毎月109,000円支払っています。遠距離通勤のため所得税法上の非課税限度額100,000円は非課税交通費とし、9,000円を所得税法上の課税交通費として給与計算しています。所得税の計算上は合理的な交通機関の利用であることの確認はしてあります。諸費税の取扱いはどの様になりますでしょうか。

108,000円が、課税仕入となります。  通勤手当は、「その通勤に通常必要であると認められる部分の金額」である限り、上記のように給与に該当する場合であっても、課税仕入れに係る支払対価となります。 【参考条文等】 □消基通11-2-2