税理士法人エスネットワークス

給与所得を有する者が、勤務する場所を離れてその職務を遂行するため旅行をした場合に、その旅行に必要な支出に充てるために支給されるもので、その旅行に必要と認められるものは非課税とされております。
（所得税法第九条４項）

今回の場合、通勤に利用する交通手段が災害等により利用をすることができないので、他の交通手段を利用した場合に支給する実費相当額の交通費については、その利用した交通手段が合理的なものであれば、その支給した交通費は旅費に準じて非課税と考えられますので、給与として源泉徴収をする必要はありません。