所得税法では、永住権、国籍等の分類に関係がなく、どこに住所地(居所地)を有しているか又はどこで事業を行っているかで課税関係が決まります。
ご質問の内容ですと、米国に20年以上居住されていますので、所得税法上、日本では「非居住者」の扱いになり日本で発生した所得にのみ課税されます。
貴殿の事業であるオンラインショップについては、日本では行っておらず米国で行っておりますので、日本で発生した所得にならず、日本での申告は必要ございません。
上記理由により貴殿の今までの申告方法につきましては、特段問題ないと考えられます。
補足でございますが、日本の税法におきましても、居住者(日本に住所等を有している人)は、全世界課税となっており、日本、米国、中国等で得た収入については全て合算して、日本で申告する必要があります。